مؤسسهٔ عام‌المنفعهٔ خواجه نصیر الدین طوسی در سال ۱۳۷۰ از سوی پیش‌کسوتان متدین عرصهٔ آموزش و فرهنگ، با همراهی جمعی از جوانان دانش‌آموختهٔ متعهد دانشگاهی و با کسب مجوز رسمی از وزارت آموزش و پرورش فعالیت خود را به‌صورت رسمی آغاز نمود. از سال ۱۳۷۷ و در راستای اهداف عالیهٔ فرهنگی و تربیتی این مؤسسه، اردوهایی بلندمدت با نام «اردوی جهادی» برای دانش‌آموزان و فارغ‌التحصیلان مؤسسه راه‌اندازی گردید. هر سال در این اردوها جمعی از دانش‌آموزان، مربیان و فارغ‌التحصیلان برای خدمت‌رسانی به یکی از مناطق محروم کشور اعزام می‌شوند. همه‌ساله بر تعداد افرادی که علاقمند به حضور در این اردو بودند یا تمایل داشتند کمک‌های مادی و معنوی خود را در اختیار مناطق محروم قرار دهند، افزوده می‌شد. این امر مسئولین مؤسسه را بر آن داشت تا با راه‌اندازی مجموعه‌ای مستقل، فعالیت‌های محرومیت‌زدایی خویش را به‌ویژه در مناطق روستایی کشور گسترش دهند. در این راستا و پس از ۱۲ سال فعالیت مداوم در مناطق محروم کشور، تشکیلاتی مستقل تحت عنوان «بنیاد خیریهٔ غیردولتی خواجه نصیر طوسی» به شماره ثبت ۲۵۵۰۹ و با کسب مجوز از وزارت کشور و با محدودهٔ فعالیت فرا استانی در سال ۱۳۸۹ تأسیس گردید.